Per avere un giardino pensile sano e bello talvolta è necessario sconfiggere parassiti fungini e/o insetti.
I pesticidi più comunemente utilizzati contengono principi attivi di sintesi che possono nuocere all'uomo e all'ambiente.In commercio, tuttavia, esistono anche delle alternative biologiche.

Insetticidi Biologici: esistono in commercio degli insetticidi ad ampio spettro di azione a base di piretro oppure di artemisia, quassia, ed altri oli essenziali che non sono dannosi nè per l'uomo nè per l'ambiente.
Dai semi dell'albero del Neem si estrae un principio attivo, l'azadiractina e altre sostanze che hanno proprietà insetticide.
Acaricidi Biologici: per sconfiggere il ragnetto rosso ed altri parassiti delle piante sono disponibili in commercio dei prodotti a base di microrganismi patogeni. Uno di questi bioinsetticidi utilizza un fungo chiamato Beauveria Bassiana che agisce sugli insetti dannosi per contatto.
Fungicidi Biologici: uno dei più vecchi ed efficaci anticrittogramici è la Poltiglia bordolese composta di una miscela di solfato di rame e idrato di calcio. Una valida alternativa è rappresentata dallo zolfo.
Lepidottericidi Biologici: contro le larve dei Lepidotteri che si nutrono delle foglie delle piante si possono acquistare preparati a base di Bacillus Thuringensis, un batterio che produce una tossina dannosa per i lepidotteri ma innocua per l'uomo e per gli animali.
Diserbanti Biologici: prima di seminare il prato una buona pratica è quella di preparare con cura il terreno mediante la tecnica della "solarizzazione" praticata in estate o anche agli inizi della stagione calda. Si applica una pellicola di polietilene trasparente sul terreno precedentemente sarchiato, fermandola ai bordi con zolle di terra e lasciando la copertura per 25-30 giorni. L'azione dei raggi solari consentirà di raggiungere temperature di 60-70 gradi sufficienti per sterilizzare il terreno dalle erbe infestanti e da eventuali funghi e batteri senza l'uso di sostanze chimiche.